潔凈室用途分類，根據用途可分為兩類：

(1)工業潔凈室——控制無生命的顆粒為對象。主要控制空氣塵粒對工作對象的污染，內部一般保持正壓。適用于精密機械行業、電子行業(半導體、集成電路等。)、航空航天工業、高純化工、原子能工業、磁光產品工業(CD、膠片、磁帶生產)、LCD(液晶玻璃)、計算機硬盤、計算機磁頭生產等行業。

潔凈室使用分類：

(2)生物潔凈室，主要控制有生命的顆粒(細菌)和無生命的顆粒(灰塵)對工作對象的污染。可以分為；一、一般生物潔凈室，主要控制微生物(細菌)物體的污染。同時，其內部材料應能承受各種滅菌劑的侵蝕，內部壓力一般有保證。本質上，它的內部材質應該是一個可以承受各種滅菌處理的工業潔凈室。例子：醫藥行業，醫院(手術室、無菌病房)、動物實驗室、理化實驗室、血站等食品、化妝品、飲料產品的生產。

B.生物安全潔凈室：主要控制工作物體的活粒子對外界和人的污染。和里面的大氣保持負壓。例如：細菌學、生物學、潔凈實驗室、材料工程(重組基因、疫苗制備)